Les limitations connues incluent les issues d'exécution de BSDDB, liées à la capacité de la mémoire. Aussi longtemps que le cache de BSDDB s'adapte complètement dans la mémoire disponible du système, l'exécution devrait être proportionnée. Quand la taille du cache excède celle de la mémoire libre, des parties du cache de la base de données commencent à être permutées sur le disque, l'exécution se dégrade sensiblement. Ceci peut être résolu en ajustant la taille du cache de BSDDB aux grandes bases de données.